La cinta que dirige Martin Scorsese y protagoniza Willem Dafoe, se empieza narrando la vida de Jesús de Nazaret de manera más o menos cercana a como la cuentan los Evangelios, pero sin pretender describirla de una manera detallada. La trama cambia en el momento de la crucifixión, cuando un supuesto ángel llega para liberar a Jesús de su martirio y que pueda vivir una vida normal al lado de María Magdalena.
Jesús es un ser humano como todos, pero después de algunas señales divinas, pasa algunos días en el desierto. Allí, resiste las tentaciones de Satanás, para, al fin, descubrir y comenzar su vida pública.
Durante la crucifixión, tras haber preguntado a Dios por qué lo ha abandonado, se le aparece su ángel guardián, quien le dice que Dios le ha enviado para que bajara a salvarlo, puesto que ya había sufrido bastante, y que él no es el Mesías. Con su ayuda, Jesús baja de la cruz, pero los presentes siguen mirando los maderos como si nada hubiese ocurrido. El ángel y Jesús se retiran, se encuentran con María Magdalena y Jesús se casa con ella.
Pasado un tiempo, y tras la muerte de María Magdalena estando embarazada, Jesús se casa con Marta de Betania y forma una familia, viviendo como un hombre más. Un día se encuentra con Pablo predicando sobre el Mesías. Jesús se le acerca y le dice que él es Jesús que vive como hombre, pero Pablo le contesta que «su Jesús» es más importante y poderoso que él, y trata de desmentirlo, negando su identidad.
